O filme começa no passado onde Yukinari encontra-se com Celebi num julgamento de um homem e dois de seus Pokémon.
Yukinari espera conseguir salvar Celebi. Mas então, esta desaparece e Yukinari fica só...
Ash, Misty e Brock apanham um barco, e conhecem muitos novos amigos durante a viagem, com receio de encontra Suicune. Até uma floresta, onde Ash encontra uma menina e sua mãe, informando-lhe que não deveria entrar numa caverna que tinha ocorrido 40 anos num estranho fenómeno. Ao longo do caminho Ash e companhia encontram Celebi ao lado de Yukinari. Celebi instantaneamente desaparece, mas então veremos como se encarinha com Ash.
Mas nem todos são bons, o mau da fita neste filme (chamado Bisashu) consegue capturar Celebi numa Dark Ball, e leva-lo.
Durante um confronto com a posterior Bisashu contra Ash (apoiado por Suicune) são capazes de derrubar Celebi, que acaba por morrer.
Todos tentam reanima-la, mas é inútil. De repente, centenas de Celebis emergentes de todas as direcções, e acabam por revive-la. Mas Busashi é ataca com todos os seus Pokémon, mas mais tarde foi finalmente derrotado por Celebi, que mandou-o para outra dimensão. Muitos anos mais tarde, a aventura começa.

Pokémons Principais: